با آغاز دومین مرحله اخراج مهاجران افغانستانی از پاکستان، شماری از فعالان مدنی نگرانی شدید خود را از این موضوع، ابراز کردند.
این در حالی است که حکومت پاکستان، از افغانستانی‌ها خواسته است این کشور را ترک کنند.
«ترنم سعیدی» از فعالان مدنی به روزنامه آوا گفته است که «اکثریت مهاجران در پاکستان منتظر رسید‌گی پرونده‌هایشان هستند و هیچ‌کس دایمی در پاکستان زندگی نمی‌کند.»
وی افزوده است: «حضور مهاجران افغان به اقتصاد پاکستان کمک کرده ]است[، ویزه این کشور در اوایل ۲۰۰۰ افغانی دریافت می‌شد؛ اما اکنون نرخ این ویزه به ۲۵۰۰ دالر آمریکایی رسیده است.»
بانو سعیدی درباره وضعیت مهاجران افغانستانی در پاکستان، گفت مهاجرت امری پذیرفته شده است و هر انسانی حق دارد مهاجرت کند و اخراج مهاجران افغانستانی یک فاجعه بزرگ است؛ بنابراین پاکستان باید با افغانستانی‌های مهاجر مدارا کند. 
«دیبا نیکزاد» یکی دیگر از فعالان مدنی ساکن در پاکستان، با ابراز نگرانی از اخراج مهاجران افغانستانی ساکن در پاکستان، می‌گوید که حکومت پاکستان باید اخراج مهاجران افغانستانی را متوقف و یا به تعویق بیندازد تا مهاجران فاقد ویزا، اقدام به دریافت آن کنند و از طرفی نیز سرنوشت و پرونده آن‌ها هرچه سریع‌تر روشن شود.
بانو نیکزاد تأکید می‌کند که برخی افغانستانی‌های مهاجر مجبورند برای نجات زندگی خود در پاکستان بمانند؛ ولی حکومت پاکستان با وجود درک شرایط کنونی افغانستان، آن‌ها را اخراج می‌کند.
«پرویز آریا» از دیر زمانی با خانواده خود در پاکستان زندگی می‌کند. او همچون ده‌ها افغانستانی مهاجر از برخورد پولیس شاکی است. آریا می‌گوید وضعیت اخراج مهاجران توسط حکومت پاکستان قابل‌قبول هیچ‌کسی نیست و حتی افراد دارای ویزا و کسانی که مدت ویزای آنان کم مانده است با ترس‌ و هراس زندگی می‌کنند.
وی همچنین می‌گوید که مهاجران افغانستانی از برخورد پولیس پاکستان به‌علت‌های مختلف از جمله نداشتن ویزا، ختم آن و همچنین آغاز دومین دور اخراج‌. به گفته آقای آریا، پولیس پاکستان از این افراد «پیسه» می‌گیرد.
بر اساس گزارش‌ها، دومین دور اخراج شامل شهروندان افغانستانی دارای مجوز اقامت نیز می‌شود.
آمار وزارت مهاجرین و عودت‌کنندگان طالبان در افغانستان نشان می‌دهد که پس از تسلط دوباره طالبان بر این کشور، دو میلیون و ۹۱۸ و ۲۳۹ مهاجر به کشورشان بازگشته‌اند و اکنون نیز سه‌ونیم میلیون مهاجر افغانستانی در پاکستان زندگی می‌کنند.
مقام‌های پاکستانی اخیرا اعلام کرده‌اند که در نزدیک به دو هفته، بیش از هشت هزار مهاجر افغانستانی را از پاکستان اخراج کرده‌اند.
این در حالی است که در مرحله اول اخراج مهاجران افغانستانی از پاکستان، نزدیک به ششصد هزار مهاجر افغانستانی از این کشور اخراج شدند.